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Citando a página oficial do projeto…

O suPHP é uma ferramenta para executar scripts PHP com seus próprios usuários, ao invés destes utilizarem o usuário padrão do Apache (nobody).

A utilização deste sistema só agrega para o servidor, facilitando na localização de usuários abusivos e evitando a comum prática de injection em websites vulneráveis.

Há algum tempo, o cPanel embarcou a opção de compilar o Apache já com o suPHP integrado, facilitando assim a vida do administrador.

Veja abaixo algumas situações vivenciadas por desenvolvedores e administradores:

• O desenvolvedor precisa setar aquela permissão 777 em uma pasta, porque sua galeria não consegue fazer o upload de uma imagem.
• O desenvolvedor precisa editar via FTP aquele arquivo do módulo que foi baixado pelo seu sistema, mas o owner (dono) do arquivo é o nobody (99).
• O administrador precisa atender constantes requisições de mudança de owner para todos os clientes que efetuam uploads através de seus sistemas.
• O administrador precisa descobrir quem é que está com aquele processo consumindo 100% de CPU via strace ou apache status.
• O administrador precisa remover constantemente arquivos maliciosos inseridos em pastas com permissão 777.
• O cPanel não vai contabilizar o espaço em disco corretamente, pois arquivos com o owner nobody “não pertencem” ao user do domínio.